当施工单位未按专项施工方案实施专项工程且存在安全隐患时，项目监理机构有权直接代替施工单位进行整改操作。

项目监理机构的职责是监督、检查、指令和报告，而非替代施工单位进行具体的施工作业或整改操作。监理机构应签发监理通知单要求施工单位整改，或下达工程暂停令，由施工单位自行整改，监理机构负责复查整改结果。