在工程总承包合同中，若合同文件约定“合同协议书”优先于“专用合同条件”，而“专用合同条件”优先于“通用合同条件”，则当三者内容冲突时，应以合同协议书为准。

题目已明确给出了该特定合同文件的优先顺序：合同协议书 > 专用合同条件 > 通用合同条件。根据合同解释原则，应按照约定的优先顺序执行。因此，冲突时以效力最高的合同协议书为准。