监理工程师在收到承包人提交的最终索赔报告后，应在28天内完成审核并报送发包人，若发包人不同意监理工程师的审核意见，承包人只能接受监理工程师的决定。

监理工程师的审核意见报送发包人后，发包人应与监理人和承包人协商。如果发包人与监理人的意见不一致，或承包人对监理人的决定有异议，可以按照合同约定的争议解决方式（如争议评审、仲裁或诉讼）进行处理，承包人并非只能接受。