未取得施工许可证擅自施工的，由工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门责令停止施工。

根据《建筑法》第六十四条规定，违反本法规定，未取得施工许可证或者伪造施工许可证进行施工的，责令改正，对不符合开工条件的责令停止施工，可以处以罚款。执法主体通常是县级以上地方人民政府建设行政主管部门。