施工单位在收到监理通知单后，正确的处理程序包括（ ）。

根据监理工作程序，施工单位收到监理通知单后，应立即分析原因、制定整改措施、提交书面整改报告，并对整改结果进行自检。选项B、C、E正确。选项A“立即停止相关作业”通常适用于工程暂停令，而非监理通知单。选项D错误，施工单位不应等待建设单位指令，而应主动整改。